整合平台 - Platform Informatics

Accelrys的Pipeline Pilot是一種高階的資料及應用程式整合平台,已被廣泛地應用於科學研發上的工作流程管理與整合。在這個平台上有許多既有高階的統計功能,又兼具可充分彈性運用的工具元件集(Component Collections)。這些包括了Data Modeling、Advanced Data Modeling、及R-Statistics。這使得科學家們可利用來發現在其大量的數據資料內未知的模式,用以建構正確的資料模型,然後預測未來的實驗結果,並協助他們設計更佳的實驗方法與計畫。

Pipiline Pilot能應用於模擬平台執行資料分析、結構運算、導入各家軟體廠商與免費軟體之有效與相容程式、開發自有功能並以大量資料導入與複合式自動化運算與分析。
   

Pipeline Pilot 系統特色:這是一套高速資料分析系統,因應了現代科學資訊研究者的需求與延展性,利用功能元件(Functional Component)的組合與串聯,它結合了自動化的數值運算、資料數值輸出、3D結構的立體呈現,更驚人的為Pipeline Pilot能結合他廠所提供的軟體功能使其相容,讓研究人員能針對自己的需求,更精準與適切地利用模擬工具達成研究結果的預測及縮短研發時程。

舉例而言,在新藥的開發過程中,研究人員首先到資料庫去搜尋有興趣之化學結構之後,一般必須將所搜尋的相關結構加以存檔,再將存取適當的結構格式導入另一套軟體中進行結構模擬;另一頭若正進行高速篩選 (High Throughput Screening,HTS) 的實驗時則亦需於高速篩選自動裝置下將各小分子結構作結構構形分析與各項運算子(Descriptors)之運算,迨結構構形逐一手動計算後,再進一步逐一鍵入對應各小分子的活性資料。此時將結構資料輸入Rational Drug Design 軟體進行藥物基團 (pharmacophore) 的產生,再將化學資料庫搜尋而來的結構資料與HTS的活性資料,傳送至化學資訊 (Cheminformatic) 軟體中進行比對分析,如無合適的New Lead Compounds 被搜尋到,則導入各類型的結構資料庫作為新藥開發,並仍繼續執行以其新骨幹的小分子以進行活性測試。這類型的問題亦即是我們所面對傳統型(Conventional Predictive Modeling Technologies)預測軟體獨立執行運算及提供獨立結果常會碰到資料轉換、規律性操作 (Routine Processing) 費時以及功能無法整合的基本架構問題。

傳統型獨立軟體無法解決的瓶頸,透過 Pipeline Pilot 的中介軟體 (Middleware) 的連結與溝通,經由工作流程 (Protocol) 的設計,完整的將各式資料、結構、圖檔、搜尋引擎、計算引擎導入於單一平台上,進行各項應用軟體的執行,快速架接研發的初始資料與研究結果。

Pipeline Pilot 採Client–Server架構,主程式與運算器以架接在後端之伺服器,亦可以單一機器同時做為本身之Client 與Server。

Pipeline Pilot系統架構介紹:Pipeline Pilot 的基本平台主要是一個資料分析(Data Analysis)與資料採集(Data Mining)系統,應用範圍相當廣泛,使用者一經架接所需的應用功能(在 Pipeline Pilot 稱之為元件集 Component Collection),就能執行經由Functional components 所組合的一連串的即時的運算與分析。這是為因應現今對於訊息分析的大量需求所產生的系統,使用者本身可以將所擁有各式各樣的計算、分析、視覺化(Visualizing)工具與計算引擎(Engines)整合進入Pipeline Pilot 的開放平台成為此系統的Functional Components,組合客製化(Customized)與自動化(Automated)資料分析串流(Data Analysis Pipelines)而成為一個Protocol,這個流程(Protocol)會將一般軟體所無法達到的複雜多樣的計算即時地完成;計算分析與資料處理也不再僅限於傳統資料系統的幾個輸出報表,Pipeline Pilot 可以接收相當異質性的資料來源,甚至在某一些架接組態時,詢問使用者其衍伸性與其他已完成的資訊是否須導入等問題;在針對資料結果的開放與分享上,Pipeline Pilot利用其 "Web Services" 及 "Web Port" 來提供資料處理(Data Processing)與分析流程(Ananlysis Protocol),簡易的設定讓開發者僅需針對可利用此Protocol 者作定義即可。

目前Pipeline Pilot 所具備之應用功能元件集(Component Collections)分列如下:


Chemistry Component Collection
     


☆ ADMET Component Collection
    


Cheminformatics Component Collection
            


Gene Expression Component Collection
            


☆ Sequence Analysis Component Collection


Mass Spectrometry for Proteomics Component Collection


Catalyst Component Collection (Pharmacophore)


CHARMm Component Collection (Simulations)


☆ Materials Studio Component Collection
    


☆ Polymer Properties Component Collection (Synthia)
    


☆ Integration Component Collection


 Data Modeling Component Collection
   


 Advanced Data Modeling Component Collection 
    


☆ R-Statistics Component Collection
        

☆Imaging Component Collection

☆ ChemMining Component Collection(Chemical Text Mining)


☆ Text Analytics Component Collection
        


☆ Reporting Component Collection


☆ Plate Data Analytics Component Collection
     


Analytical Instrumentation Component Collection

SciTegic Client Interfaces Datasheet
SciTegic Web Port Product Datasheet
SciTegic Software Development Kits Datasheet
 

Read the Pipeline Pilot 8.0 Release Notes

What's New in Pipeline Pilot 8.0

Read the Pipeline Pilot Overview 8.0

System requirements for Enterprise Server 7.0 and Pipeline Pilot 7.5