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☆2009/12/18中央研究院DS Pharmacophore軟體教育訓練
☆MacVector 11：Bioinformatics with Style and Elegance
☆2009/10/21DS Pharmacophore 軟體套件功能介紹、應用領域、實例說明介紹及教學研討會
☆中央研究院 2009/09/24 Discovery Studio2.5新功能介紹及教學研討會
☆國家高速網路與計算中心2009/08/12-13 Material Modeling Using Accelrys Materials Studio
☆國家高速網路與計算中心2009/08/10-11 Computational Chemistry and Biology Using Accelrys Discovery Studio
☆國立台灣大學2009/06/24~25舉行Discovery Studio模擬計算軟體教育訓練
☆國立台灣大學2009/06/22~23 舉行Materials Studio模擬計算軟體教育訓練
☆國立台灣大學2009/05/20Accelrys Materials Studio 4.4教學研討會
☆中央研究院2009/04/16Biological Sequence Analysis Using Accerlys Pipeline Pilot教學研討會
☆國家高速網路與計算中心2009/04/06-08 Life Science Sequencing and Modeling Analysis Using Accelrys Pipeline Pilot and Discovery Studio
☆中央研究院2009/01/13Accelrys Pipeline Pilot 教學應用研討會
☆中央研究院2008/11/03Accelrys Pipeline Pilot 教學應用研討會
☆中央研究院2008/09/25 Discovery Studio2.1新功能介紹及透過Pipeline Pilot 平台之整合性應用教學研討會
☆國家高速網路與計算中心2008/09/01-03CASTEP/Materials Studio計算化學進階訓練課程
☆國防醫學院Accelrys Pipeline Pilot 教學應用研討會
☆高雄醫學大學2008/08/20 Discovery Studio 教學應用研討會
☆國立東華大學2008/08/14學習分子結構軟體DS Modeling 訓練課程
☆國家高速網路與計算中心2008/08/11-12Accelrys/ Materials Studio教學研討會
☆國家高速網路與計算中心2008/08/07-08Accelrys/Pipeline Pilot教學研討會
☆國家高速網路與計算中心2008/08/04-06Accelrys Discovery Studio教學研討會
☆國立台灣大學2008年Accelrys Discovery Studio教學研討會
☆國立台灣大學2008年Accelrys Materials Studio教學研討會
☆分子視算公司於2008/07/23至中國醫藥研究所舉行教學研討會
☆2009/12/18中央研究院DS Pharmacophore軟體教育訓練
Title:DS Ligand Profiler Training and Introduction to Pharmacophore Applications in Drug Design
Subject:Pharmacophore modeling is a powerful method to rapidly identify new potential drugs. For the numerous
therapeutically relevant drug targets with undetermined active site geometries, pharmacophore modeling
provides an effective mechanism for virtual screening. Using proven pharmacophore methods,
researchers can achieve astounding results from limited data.
Agenda:•DS Pharmacophore Applications in Drug Design
•Introduction to DS Visualizer
•Hands-on Exercise: Handle Your Data in DS Visualizer
•Search Target Protein by Ligand Profiler
•Hands-on Exercise: Mapping Ligands and Protein Pharmacophore Model
•Build and Search 3D Database
Speaker：分子視算股份有限公司 林進中 專案經理
Location：中研院生醫所B1A會議室
Sponsor：中央研究院生物醫學科學研究所
Corresponder：分子視算股份有限公司
System Requirements： Windows XP Professional SP2/SP3 ; Vista Business / Enterprise，不支援Mac
☆MacVector 11：Bioinformatics with Style and Elegance
主 題：MacVector 11：Bioinformatics with Style and Elegance
完整介紹 MacVector 自10.0以來新版本的功能與應用以及實機操作
講 師：MacVector亞太區總代理分子視算股份有限公司-李佩力博士
上課日期：2009/10/29 PM14:00~17:00
上課地點：生物醫學科學研究所 B1B會議室
內容簡介：MacVector®是在Macintosh 平台上歷史最悠久，也是最受生命科學家們信賴的生物資
訊與序列分析軟體。其最新版本，MacVector 11，已於2009年9月推出。除了延續先前
MacVector 固有的強大分析功能，與簡潔、美型、與直觀易用的介面之外，在11 版更
加上了自動註解(Auto Annotation)、浮動工具列、虛擬分子選殖編輯介面(Click-
Cloning Editor)、新世代定序(Next Generation Sequencing)支援等 進技術。這些優
勢，加上MacVector 針對最新Apple 軟硬體的完全相容性(PPC- or Intel-based CPU,
MacOS 10.4-10.6 fully compatible)，與完善的售後服務與技術支援，都將使得
MacVector 11 成為您在分子遺傳實驗及生物資訊研究上不可或缺的利器！
除了完整介紹MacVector自10.0以來新版本的功能與使用，並有實機操作的機會，歡迎
院內同仁踴躍參加，並自帶Mac 筆記型電腦於現場安裝軟體及試用(21天)。任何從事
分子生物研究的人員，無論是否曾經用過MacVector 或其它序列分析軟體，都不要錯
過這個認識MacVector的大好機會！
講 師：分子視算股份有限公司-林進中專案經理
上課日期：2009/10/21 PM14:00~17:00
上課地點：國防醫學院生物化學科7233會議室
內容簡介：1. DS Pharmacophore 軟體套件功能介紹
2. 藥物之藥效官能基團模擬分析
3. 蛋白質活性中心之藥效官能基團模擬分析
4. DS Pharmacophore 軟體套件之應用領域與實例說明
5. Q & A
☆中央研究院 2009/09/24 Discovery Studio2.5新功能介紹及教學研討會
主 題：What’s New in Discovery Studio 2.5 – Transmembrane Protein Modeling, Fragment Docking Using
MCSS, and Other New Advanced Functions
目 標：了解Discovery Studio(DS)2.5在Life Science的應用及練習操作和使用DS之介面與功能
講 師：分子視算股份有限公司-林進中專案經理
內容簡介：1. Overview of Accelrys Discovery Studio and What’s New in Version 2.5
2. Modeling of Transmembrane Proteins
1)Protein Modeling in DS
2)Hands-On Exercise
3.Fragment Docking by Multiple Copy Simultaneous Search (MCSS)
1)Structure-Based Design in DS
2)Hands-On Exercise
4.Creating and Customizing Pharmacophore Features
1)Pharmacophore Analysis in DS
2)Hands-On Exercise
5.Protocols and Tools Customization in DS
1)Hands-On Exercise
6.Other New and Advanced Functions in DS
7.Summary – Q & A
上課日期：2009/09/24 AM09:30～12:00,PM13:30～17:00
上課地點：中央研究院計算中心電腦教室
適合對象：藥物設計、蛋白質研究、結構生物學、生物化學等相關領域之研究人員
☆國家高速網路與計算中心2009/08/12-13 Material Modeling Using Accelrys Materials Studio
課程介紹：Materials Studio® is a software environment that brings the world's most advanced
and validated materials simulation technology to desktop computing. Offering
advanced visualization tools and access to the complete range of computational
materials science methods, Through this course the participants will learn how to use
MS from model building to advanced material simulation in atomistic level.
講 師：分子視算股份有限公司-江定遠高級專員
上課時間：2009/08/12～2009/08/13 AM09:30～PM16:30
課程安排：• Day 1– Classical Molecular Dynamics in MS
•Introduction and Overview of Materials Studio
•Molecular Dynamics Simulation
•Classical MD and Monte Carlo method
•Day 2 – Ab-initio simulation and more
•Ab-initio and Semi-empirical Method
•Crystallization
•Statistical Method (QSAR)
☆ 國家高速網路與計算中心2009/08/10-11 Computational Chemistry and Biology Using Accelrys Discovery Studio
講 師：分子視算股份有限公司-林進中專案經理
上課時間：2009/08/10～2009/08/11 AM09:30～PM16:30
課程安排：• Day 1 – Structure-based design/Homology modeling
• Introduction and Overview of Discovery Studio
• Docking and Scoring in DS
• Homology Modeling
• Day 2 – Homology modelling/Pharmacophore-based design
• Introduction to Pharmacophores and Manual Pharmacophore Building
• Automatic Hypothesis Generation
• Database Building and Searching
☆國立台灣大學2009/06/24~25舉行Discovery Studio模擬計算軟體教育訓練
上課時間：2009/06/24～25 AM09:00～12:00,PM13:30～16:30
講 師：分子視算股份有限公司-林進中專案經理
課程大綱：• Introduction to Discovery Studio
• Structure-Based Design
• Protein Modeling
• ADMET and TOPKAT
地 點：臺大計算機及資訊網路中心 212教室
上課對象：生物資訊與結構生物學暨藥物結構設計之研究人員
☆國立台灣大學2009/06/22~23 舉行Materials Studio模擬計算軟體教育訓練
上課時間：2009/06/22～23 AM09:00～12:00, PM13:30～16:30
講 師：分子視算股份有限公司-江定遠先生 課程大綱：• Materials Studio (MS) 4.4 Overview
•MS Visualizer and Model Building
• Discover Overview
• VAMP Overview
• DMol3 Overview
•CASTEP Overview
課程說明：Materials Studio為材料科學領域的研究者，專門設計開發的一套專業計算研究軟體，
可在Intel/Windows PC上進行運算。對於化學、材料、化工工業等所面臨的的一系列
重要問題，提出一套完整的解決方案，幫助研究人員解決當今化學及材料工業中的許
多重要問題。運用並綜合了多種先進計算方法理論，使得MS為一個強而有力的模擬工
具。無論是在性質預測、模型建造比對，還是X-ray繞射模擬，都可以透過方便的操作
介面來計算得到確實可靠的數據資料。Materials Studio採用用戶端伺服器的架構，支
援Windows全系列、Unix以及Linux等多種操作平臺，使化學及材料科學的研究者們能
更方便的建立三維分子模型，深入的分析有機、無機晶體、非晶型材料以及聚合物。
標準的Microsoft Windows使用者介面，無論研究者是不是電腦方面的專家，都能充
分運用Materials Studio的技術及介面得出高品質的模擬計算資料及圖片，使演講和論
文報告更引人入勝。同時Materials Studio還能處理各種不同來源格式的圖形檔、文字
檔以及資料。可通過各種控制面板直接對計算參數和計算結構進行設置和分析。
地 點：臺大計算機及資訊網路中心 212教室
上課對象：奈米級開發相關研究領域人員
國立台灣大學2009/05/20Accelrys Materials Studio 4.4教學研討會
課程名稱：Materials Studio Update and Solution Examples in Quantum, Atomistic and Mesoscale Simulation Areas
講 師：Abhijit Chatterjee, Ph. D.Senior Application Scientist, Accelrys
上課時間：2009/05/20 AM10:00~12:00
地 點：台灣大學(校總區) 計算機及資訊網路中心一樓106室
☆中央研究院2009/04/16Biological Sequence Analysis Using Accerlys Pipeline Pilot教學研討會
課程名稱：Biological Sequence Analysis Using Accelrys Pipeline Pilot
課程目標：The participants will learn how to use Pipeline Pilot's Sequence Analysis
Collection (SAC) and the Web Port interface to analyze biological sequences.
上課時間：2009/04/16 AM09:00～12:00, PM13:30～16:30
講 師：李佩力博士
內容大綱：•Introduction to Accelrys Pipeline Pilot
•Pipeline Pilot Protocols and Interfaces
•Introduction to SAC Components and Protocols
•Introduction to Web Port Interface for Sequence Analysis
•Hands-On Exercises
•Q & A
適合對象：Biological Science and Bioinformatics Researchers, former GCG Users
地 點：中央研究院生圖館電腦教室
☆國家高速網路與計算中心2009/04/06-08 Life Science Sequencing and Modeling Analysis Using Accelrys Pipeline Pilot and Discovery Studio
上課時間：2009/04/06～2009/04/08 AM09:30～PM16:30
上課總天數：3 天，共計 18 個小時
講 師：李佩力博士
課程介紹：Through this course the participants will learn how to analyze biological
sequences and build and analyze protein models using Accelrys Pipeline Pilot
and Discovery Studio software.
課程安排 ：• Day 1 – Pipeline Pilot Basics
• Introduction and Overview of Pipeline Pilot and SAC
• Pipeline Pilot Components and Protocols
• Data Manipulation and Filtering in Pipeline Pilot
• Basics of PilotScript
• Subprotocols and WebPort
• Day 2 – Sequence Analysis Collection
• Basics of Sequence Analysis
• Sequence Data Record and Structure
• SAC Components and Protocols
• Restriction Mapping of Nucleotide Sequence
• Oligomer Design for PCR, Sequencing, and siRNA
• Pairwise and Multiple Sequence Comparison
• Searching the Database Based on Sequence Similarity
• Gene Finding and Pattern Recognition
• Protein Secondary Structure Analysis
• Day 3 – Discovery Studio Collections
• Introduction to Pipeline Pilot/Discovery Studio
• Protein-Protein and Ligand-Protein Docking
• Ligand Based Methods
• Protein Simulation
課程附註：Participants can choose from 3 tracks of course: (Day 1 is required for all tracks)
A) Sequence Analysis Track (Day 1+2)
B) Life Science Modeling Track (Day 1+3)
C) Comprehensive Course (Day 1+2+3)
☆中央研究院2009/01/13Accelrys Pipeline Pilot 教學應用研討會
日 期：2009/01/13 AM09:00～12:00, PM13:30～16:30
適合對象：Biological Science and Bioinformatics Researchers, former GCG Users
講 師：李佩力博士
地 點：中央研究院生圖館電腦教室
內容大綱：(1)Introduction to Accelrys Pipeline Pilot
(2)Pipeline Pilot Protocols and Interfaces
(3)Introduction to SAC Components and Protocols
(4)Introduction to Web Port Interface for Sequence Analysis
(5)Pipeline Pilot, SAC and GCG/SeqWeb
(6)Hands-On Exercises
(7)Q & A
☆中央研究院2008/11/03Accelrys Pipeline Pilot 教學應用研討會
日 期：2008/11/03 AM10:00～PM12:00
主 講 人：李佩力博士
地 點：中央研究院植微所 會議室106
主題簡介：Accelrys Pipeline Pilot是一套高速資料分析系統與跨領域整合平台，因應了現代科學資訊研究者的需求與
延展性，利用功能元件的組合與串聯，結合了自動化的高階運算、資料數值輸出、分析結果之多元呈
現，進而結合其他異質軟體及資料庫使其相容，讓研究人員能針對自己的需求，更精準與適切地利用最
佳工具達成研究結果的預測及縮短研發時程。
☆中央研究院 2008/09/25 Discovery Studio2.1新功能介紹及透過Pipeline Pilot 平台之整合性應用教學研討會
主 題：DS2.1新功能介紹及透過Pipeline Pilot 平台之整合性應用
目 標：利用電腦模擬軟體增進研究效率
課程大綱：Discovery Studio2.1軟體介紹
(1)新功能Structure- and Ligand-based Drug Design
(2)生命科學整合平台Pipeline Pilot功能介紹
(3)上機操作練習
內容簡介：Accelrys Discovery Studio 2.1新功能說明與其在生命科學上的應用。主要功能為分析蛋白質結構和功能
之間的關係，並且可進行蛋白質序列比對，預測蛋白質結構，進一步用於藥物研發指認和評估活性位置
以得到全新的藥物候選物，或是以三維結構資料處理分析系統來篩選出合理性藥物基團之小分子，另外
透過整合性平台Pipeline Pilot的介紹，強化並發揮彈性與整合的計算能力
上課日期：2008/09/25 AM09:00～12:00,PM13:30～16:30
上課地點：中央研究院生圖教室
適合對象：蛋白質體及小分子結構模擬相關研究人員
☆國家高速網路與計算中心2008/09/01-03CASTEP / Materials Studio計算化學進階訓練課程
課程名稱：CASTEP / Materials Studio計算化學進階訓練課程
上課地點：財團法人國家實驗研究院國家高速網路與計算中心/竹科B 教室
上課時間：2008/09/01～2008/09/03,AM08:00～PM17:00
上課總天數：3 天，共計 24 個小時
課程介紹：本課程要向大家介紹一個基於第一原理（量子力學）的材料模擬計算軟體CASTEP，以及它在 PC 平台上
的操作界面 Materials Studio，讓大家實習如何使用CASTEP 來預測材料的機械、電學、光學、磁學、熱
學、化學等特性。CASTEP是使用所謂的密度泛函理論，來處理並近似多個電子交互作用的複雜量子力學
問題。它可以處理晶體、表面等具週期性的系統，也可以用超晶胞的方法處理分子吸附、雜質等非週期
性的系統。Materials Studio / CASTEP 的組合是一個先進的材料設計環境，具三度空間繪圖的科學視覺
化能力、其材料物性計算也有良好的精密度及優越的單機與平行效能，在高度整合的主從運算與分析環
境架構下，提供親切而功能強大的使用者界面，因此是研究與設計材料物性的一個非常好用的工具。在
三天的密集課程中，我們會對實際使用 CASTEP 與 Materials Studio 的基礎學理、功能選項、操作方
法、都儘可能作廣泛性的、入門性的介紹，並配合實務經驗傳授及上機實習，希望能讓上路新手也都有
收穫豐富，而能開始自行使用第一原理計算來輔助材料特性的研究與設計。
☆國防醫學院Accelrys Pipeline Pilot 教學應用研討會
課程名稱：2008/08/26 Fundamentals of Pipeline Pilot – A Review
2008/08/28 Pipeline Pilot Text Analytics Collection
2008/09/02 Pipeline Pilot Imaging Analysis Collection
上課地點：國防醫學院學院二樓語言教室(一）
上課日期：2008/08/26 AM09:00～AM12:00
2008/08/28 PM13:30～PM16:30
2008/09/02 AM09:00～AM12:00
上課總時數：共計九小時
講 師：李佩力博士
上課對象：本課程僅限國防醫學院相關學系之人員參加
☆高雄醫學大學2008/08/20 Discovery Studio 教學應用研討會
課程名稱： (1)Pharmacophor Modeling in Discovery Studio An Overview
(2)Pharmacophor Modeling in Discovery Studio Structure Based Pharmacophore (SBP) Analysis
報到地點：第一教學大樓七樓
上課地點：濟世大樓二樓,電腦教室CS217
上課日期：2008/08/20 AM09:00~PM17:00
上課對象：本課程僅限高雄醫學大學相關學系之人員參加
☆國立東華大學2008/08/14學習分子結構軟體DS Modeling 訓練課程
課程名稱：學習分子結構軟體/DS Modeling
上課地點：國立東華大學 工學大樓 E112 (PC-II電腦教室)
上課時間：2008/08/14
☆國家高速網路與計算中心2008/08/11-12Accelrys / Materials Studio教學研討會
課程名稱：Accelrys / Materials Studio
上課地點：財團法人國家實驗研究院國家高速網路與計算中心/竹科B教室
上課時間：2008/08/11～2008/08/12,AM09:30～PM16:30
上課總天數：2 天，共計 12 個小時
課程介紹：Basic Operation、應用模組介紹與使用操作：Castep/Dmol3/Vamp、Discover/Amorphous Cell、
Reflex、Sorption、X-cell、QSAR
☆國家高速網路與計算中心2008/08/07-08Accelrys/Pipeline Pilot教學研討會
課程名稱：Accelrys/Pipeline Pilot應用模組介紹與使用操作
上課地點：財團法人國家實驗研究院國家高速網路與計算中心/竹科B教室
上課時間：2008/08/07～2008/08/08,AM09:30～PM16:30
上課總天數：2 天，共計 12 個小時
課程介紹：Accelrys/Pipeline Pilot應用模組介紹與使用操作： Generic，GCG modules and components，Data
Workflow Application
☆國家高速網路與計算中心2008/08/04-06Accelrys Discovery Studio教學研討會
課程名稱：Accelrys/Discovery Studio Overview
上課地點：財團法人國家實驗研究院國家高速網路與計算中心/竹科B教室
上課時間：2008/08/04～2008/08/06,AM09:30～PM16:30
上課總天數：3天，共計18個小時
課程介紹：Basic Operation、應用模組介紹與使用操作：Protein Modeling & Protein Sequence Analysis、Protein
Simulation、Rational Drug Design：Pharmacophore；Structure Based Pharmacophore。
☆國立台灣大學2008年Accelrys Discovery Studio 教學研討會
課程名稱：Discovery Studio軟體介紹與操作實習
課程大綱： (1)Overview of Discovery Studio
(2)Protein Modeling and Simulation
(3)Structure Based Design：Docking
課程簡介：Discovery Studio是一個功能完善的生命科學研究平臺，整合了廣泛的資訊學、分子模型建造和模擬工
具，應用於蛋白質體、標靶藥物開發過程與研究，為科學家提易用的蛋白質序列比對、優化、結構藥物
設計工具。
課程介紹：(1)DS1.7中所提供處理各種大、小分子的經驗化能量計算，模擬過程提供分子結構、相互作用、能量等
資訊，並學習如何透過DS1.7操作平臺，執行蛋白質工程之計算與分子動力學模擬、軌跡處理。
(2)以結構為基礎的藥物設計模組，包括：配體－蛋白質交互作用力，先導設計(de novo design)和對接
（docking）等功能。
上課時間： 2008/07/28AM09:30～12:00；PM13:30～17:00
2008/07/29AM09:30～12:30
上課地點：台大計212教室
☆國立台灣大學2008年Accelrys Materials Studio 教學研討會
Materials Studio軟體介紹與操作實習
課程大綱： 1.Overview of Materials Studio︰MS Visualizer
2.Discover Overview
3.Castep Overview
4.Dmol3 Overview
課程簡介：Materials Studio材料科學領域的研究者，專門設計開發的一套專業計算研究軟體，可在Intel/Windows
PC上進行運算。對於化學、材料、化工工業等所面臨的一系列重要問題，提出一套完整的解決方案，幫
助研究人員解決當今化學及材料工業中的許多重要問題。運用並綜合了多種先進計算方法理論，使得MS
一個強而有力的模擬工具。無論是在性質預測、模型建造比對，還是X-ray繞射模擬，都可以透過方便的
操作介面來計算得到確實可靠的數據資料。
上課日期：2008/07/29PM13:30～16:30
2008/07/30AM09:30～12:00;PM13:30～17:00
上課地點：台大計212教室
☆分子視算公司於2008/07/23至中國醫藥研究所舉行教學研討會
主要課程：Accelrys Products Overview: Discovery Studio & Structure-Based Pharmacophore
上課時間：2008/07/23 PM15:30
主 講 人：分子視算股份有限公司-蔡宜君協理、林進中專案經理
上課地點：國立中國醫藥研究所
地 址：台北市北投區立農街二段155-1號6樓645教室
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